조직
- กองกฎหมาย
- กองวัณโรค
- กองระบาดวิทยา
- กองโรคไม่ติดต่อ
- กลุ่มงานจริยธรรม
- กองบริหารการคลัง
- กลุ่มตรวจสอบภายใน
- สถาบันบำราศนราดูร
- กองโรคติดต่อทั่วไป
- กองนวัตกรรมและวิจัย
- กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
- กองป้องกันการบาดเจ็บ
- สถาบันราชประชาสมาสัย
- สำนักงานเลขานุการกรม
- กองโรคติดต่อนำโดยแมลง
- กองบริหารทรัพยากรบุคคล
- กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
- กองดิจิทัลเพื่อการควบคุมโรค
- สถาบันเวชศาสตร์ป้องกันศึกษา
- สถาบันป้องกันควบคุมโรคเขตเมือง
- สำนักงานบริหารโครงการกองทุนโลก
- สำนักงานคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ
- สำนักงานความร่วมมือระหว่างประเทศ
- กองงานคณะกรรมการควบคุมผลิตภัณฑ์ยาสูบ
- สำนักงานโครงการศึกษาวัคซีนเอดส์ทดลอง
- กองควบคุมโรคและภัยสุขภาพในภาวะฉุกเฉิน
- กองโรคจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม
- กองโรคเอดส์และโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์
- สำนักงานคณะกรรมการควบคุมเครื่องดื่มแอลกอฮอล์
- สำนักสื่อสารความเสี่ยงและพัฒนาพฤติกรรมสุขภาพ
- สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการโครงการพระราชดำริฯ
- กองด่านควบคุมโรคติดต่อระหว่างประเทศและกักกันโรค
- ศูนย์พัฒนาวิชาการอาชีวอนามัยและสิ่งแวดล้อมจังหวัดสมุทรปราการ
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 1 เชียงใหม่
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 10 อุบลราชธานี
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 11 นครศรีธรรมราช
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 12 สงขลา
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 2 พิษณุโลก
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 3 นครสวรรค์
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 4 สระบุรี
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 5 ราชบุรี
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 6 ชลบุรี
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 7 ขอนแก่น
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 8 อุดรธานี
- สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 9 นครราชสีมา